PCR関連

Exonuclease活性について

α型とPolⅠ型PCR酵素の大きな違いはExonuclease活性（以下、Exo活性）の有無です。これは、DNAを端から1塩基ずつ分解する活性であり、3’側から分解する活性と、5’側から分解する活性が存在します。

　DNAは5’側から3’側へ向かって合成されますが、DNAポリメラーゼは稀に誤った塩基を取り込むことがあります。その時に、KODやPfu DNA polymerase（以下、Pfu）などのDNAポリメラーゼはスイッチバックして3’側から誤って取り込まれた塩基を除去します（図2）。

この活性は3'→5'Exo活性（校正活性）と呼ばれます。この活性を有するDNAポリメラーゼのDNA合成における正確性は、活性の無いものに比べ格段に高いことが知られています。この活性が校正活性（Proofreading activity)と呼ばれる所以です。よって、KODシリーズ（KOD Dashを除く）は、遺伝子のクローニング等の正確性が要求される用途に用いられます。

　一方、TaqやTth DNA polymerase（以下、Tth）は校正活性がなく、誤った塩基を取り込んでも修復することができないことから、正確性は高くありません。しかし、これらの酵素は、DNAを5’側から分解する5'→3'Exo活性を有しています。この活性は生体中では主に、ラギング鎖の合成の起点となったRNAフラグメントの除去に関与していると考えられています。この活性はTaqManR アッセイなどに応用されています（図3）。

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